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생각보다 진도가 느리게 나가고 있다. 그래도 책의 절반을 넘었으니 착실하게, 조금은 서둘러서 공부를 해야겠다. 현재 총 14개의 chapter 중 8 chapter를 마무리하였다.

• Chapter 6: Sequence Alignment
• Chapter 7: Rapid Alignment Methods: FASTA and BLAST
• Chapter 8: DNA Sequence Assembly

크게는 6) DNA, protein sequence를 alignment하는 목적과 방법, 7) 계산적 효율성을 위한 rapid alignment algorithms, 8) Cloning을 활용하는 genome sequencing 데이터를 이용하여 prokaryotic 및 eukaryotic genome assembly를 수행하는 방법에 대한 설명을 다루고 있다. 공부하면서 가장 인상깊었던 점은 당시 bacterial/viral genome 수준에서 잘 작동하던 whole genome shotgun sequencing을 eukaryote genome으로 확장하여 적용하기 위해서 계산적인 방법론의 개선과 더불어 여러 종류의 cloning system (plasmid, cosmid, YACs 등)을 이용하는 실험적 breakthrough를 고안한 사실이다. 생물학과 정보과학의 중간에 서있는 계산생물학자를 꿈꾸는 학생이고, 또한 지금이 통섭의 시대이니 내 편협한 시각을 넓혀준 부분에 대해 조금 기록해보았다.