About This Book

이 책은 Richard C. Deonier, Simon Tavaré, 그리고 Michael S. Waterman 이라는 저명한 계산생물학자들에 의해 쓰여진 Computational Genome Analysis: An Introduction이라는 책이다. 2005년에 쓰여져서 genome sequencing 등 방법론이 최신의 기법과는 거리가 있지만, 책의 preface에도 나와있듯이 계산생물학 분야의 대학원생으로 시작하며 알아야 할 지식들을 다루고 있기 때문에, 이 분야의 근간과 배경을 배우고자 하는 마음으로 공부하게 되었다.

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대학원 석박사통합과정을 진입하며, 겨울방학 중에 이 책을 공부해보고 있다. 책의 흐름이 실험적 방법론, 그로부터 얻는 데이터, 데이터를 가지고 풀고자 하는 계산 문제, 계산생물학적 해결 방법의 설명과 예시 등으로 구성되어 있다. 내가 학습한 내용들을 따로 설명하지는 않을 것이고, 공부하면서 정리한 노트를 기록으로 남겨두고자 한다.

현재까지

• Chapter 1: Biology in a Nutshell
• Chapter 2: Words
• Chapter 3: Word Distributions and Occurrences
• Chpater 4: Physical Mapping of DNA
• Chapter 5: Genome Rearrangements

의 내용들을 다루었고, 크게는 1) 생물학의 배경과 실험적 방법론의 소개, 2) 유전체를 구성하는 핵산의 기본 단위 염기서열과 그 조합인 코돈, 3) 특정한 DNA 분자 내에서 염기들과 코돈이 어떤 비율로 얼마나 자주 등장하는 지, 4) 실험으로 얻은 데이터에 기반하여 우리가 DNA에 대한 정보를 어떻게 알아내는 지, 5) 유전체 내의 재배열을 어떻게 확인하고, 그로부터 무엇을 추론하는 지를 설명하고 있다.

학부 과정 동안 생명과학과 데이터과학을 이중 전공하면서 나름의 노력으로 두 학문에 대한 배경지식을 쌓으려 노력했었는데, 그 시간들이 많은 도움이 되고 있는 것 같다. 데이터과학에서 배웠던 수리/통계적 지식들이 조금 더 근본적으로 어떤 의미를 가지고 있으며, 생물학의 문제를 풀어내는 데에 어떤 방식으로 활용되는 지를 배워가고 있고, 때로는 조금 어렵지만 때로는 짜릿한 마음이 든다.